Die Grundausstattung der Akademie wird finanziert aus Mitteln der Freien und Hansestadt Hamburg. Die Anfangsfinanzierung der Akademie in den Jahren 2005 bis 2007 ermöglichten Zuwendungen der Hamburgischen Stiftung für Wissenschaft, Entwicklung und Kultur Helmut und Hannelore Greve.
Die weitere Finanzierung der Akademie, insbesondere ihrer wissenschaftlichen Projektarbeit, erfolgt durch die Einwerbung von Drittmitteln, etwa aus dem Akademienprogramm der Akademienunion.
Die Akademie der Wissenschaften in Hamburg dankt ihren Förderern für die großzügige Unterstützung: