In der Begründung für die Verleihung des Bundesverdienstordens ist unter anderem zu lesen: Der Historiker Gerhard Fouquet organisierte als Vorsitzender der Bürgerstiftung Exkursionen von Schülergruppen zu Gedenkstätten. Er hat zudem einen Wissenschaftspreis für den akademischen Nachwuchs und einen Schülerpreis begründet. Sein Engagement hat dazu beigetragen, den 8. Mai als Gedenktag in Schleswig-Holstein einzuführen. Neben zahlreichen Projekten und von ihm initiierten Dauerausstellungen engagiert sich Fouquet aktuell für die Einrichtung eines Dokumentationszentrums zum Cap Arcona-Gedenken in Neustadt in Holstein.
Als Professor für die Wirtschafts- und Sozialgeschichte des Spätmittelalters wirkte Fouquet von 1996 bis 2018 an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, deren Präsident er von 2008 bis 2014 war. Bis 2023 hatte der Historiker eine Seniorprofessur an der Kieler Universität inne.
Gerhard Fouquet ist seit 2008 Mitglied der Akademie der Wissenschaften in Hamburg und engagierte sich in der Vergangenheit in zahlreichen Gremien der Akademie, aktuell als Mitglied der Wissenschaftlichen Kommission der Akademienunion.