• In der konstituierenden Sitzung der Akademie der Wissenschaften in Hamburg am 31. Oktober 2005 werden die ersten 30 Gründungsmitglieder und 48 Mitglieder der ehemaligen Joachim Jungius-Gesellschaft aufgenommen.

• Erste Mitgliederversammlung und Wahl des Gründungspräsidenten Prof. Dr. Heimo Reinitzer und des Vorstandes der Akademie

• Am 1. Januar 2007 wird die Akademie der Wissenschaften in Hamburg zum achten und bisher jüngsten Mitglied der Union der deutschen Akademien der Wissenschaften. Als Mitglied der Akademienunion kann die Akademie im Rahmen des Akademienprogramms wissenschaftliche Langzeitforschungsprojekte betreuen.

• Die Akademievorlesungen erweisen sich als erfolgreich und werden 2008 fortgesetzt zu Themen wie Hirnforschung und dem Umgang der Wissenschaft mit Theorien und Modellen.

• DGS-Korpus, das erste Langzeitvorhaben der Akademie der Wissenschaften in Hamburg, beginnt mit der systematischen Erfassung und Dokumentation der Deutschen Gebärdensprache an der Universität Hamburg.
• Der erste Hamburger Wissenschaftspreis wird zum Thema „Infektionsforschung“ an den Kieler Biomediziner Stefan Ehlers verliehen

• Start der Nachwuchsförderung der Akademie mit dem Format Forum Junge Wissenschaft und einer ersten Nachwuchskonferenz zum Thema „Geldwirtschaft zwischen Realökonomie und Fiktionalität“

• Workshop der Arbeitsgruppe „Infektionsforschung und Gesellschaft“ zu den Strukturen der klinischen Infektiologie in Deutschland. Die Arbeitsgruppe etabliert beständige wissenschaftliche Auseinandersetzung, Debattenkultur und öffentliche Vermittlung von gesellschaftlich relevanter Forschung, die seither alle Arbeitsgruppen auszeichnet.

• Mit dem Symposium zu „Perspektiven für die deutsch-russische Rohstoffpolitik“ bringt die Akademie Wirtschaft, Politik und Wissenschaft an einen Tisch. Das Symposium ist eine von vielen internationalen Konferenzen, die die Akademie ausrichtet, um den Austausch von Experten zu wichtigen gesellschaftlichen Themen zu fördern.

• Wahl des zweiten Präsidenten der Akademie: Prof. Dr. Edwin J. Kreuzer

• Etablierung eines Kuratoriums als Aufsichts- und Beratungsgremium unter Vorsitz des Präses der Wissenschaftsbehörde

• Festsymposium: Unter dem Titel „Akademie in schnelllebigen Zeiten“ feiert die Akademie der Wissenschaften in Hamburg mit Gästen aus Wissenschaft, Politik und Gesellschaft ihr zehnjähriges Bestehen.

• Die Akademie richtet erstmalig in Hamburg den Akademientag der Union der deutschen Akademien der Wissenschaften aus  – Thema: „Sprache und Sprachen“.

• Seit 2015 fördert die Akademie mit dem neuen Format „Akademie im Gespräch“ den Dialog mit Wirtschaft und Politik – 2017 zu Themen wie dem bedingungslosen Grundeinkommen oder CO2-Emissionen.

• Tagung „Infectious diseases in the 21stcentury. Global Challenges for Health and Society“: In den zwei Jahren vor dem Ausbruch der Covid-19-Pandemie thematisiert die Akademie mit zwei internationalen Symposien („Infektionskrankheiten des 21. Jahrhunderts“, 2018, und „Achtung Ansteckend! – Gesellschaftliche und biopolitische Dimensionen von Epidemien“, 2019) bereits das wichtige Thema „Infektionsforschung“ und die gesellschaftliche Dimension von Epidemien. Die Akademie adressiert damit vorausschauend zentrale gesellschaftliche Herausforderungen der Gegenwart.

• Gründung des Hamburg Institute for Advanced Study (Wissenschaftskolleg) unter maßgeblicher Beteiligung der Akademie als Gründungsmitglied
• Die Akademie schließt Kooperationsvereinbarungen mit den Landesakademien aus Estland, Lettland und Litauen.

• Die Akademie mit ihren rund 130 Mitgliedern feiert ihr 15-jähriges Bestehen mit einem Rückblick auf geleistete Arbeit und Ausblick auf weitere inspirierende Forschungen, brückenschlagende Debatten mit Politik und Wirtschaft und lebendige Begegnungen mit Bürgerinnen und Bürgern.
• Mitgliedschaft im Verein Nationale Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) e. V.
• Erstmalige Verleihung des Joachim Jungius-Preises für junge Wissenschaft (zweijährlich)
• Erster Jahrgang der Young Academy Fellows

• Erstmalige Verleihung des Elise-Reimarus-Preises (jährlich)
• Start des Akademie-Podcast „Wissenschaft als Kompass“

• Wahl des dritten Akademiepräsidenten Prof. Dr. Mojib Latif
• Einführung der Essay-Reihe der Akademiemitglieder zu einem Jahresthema
• Start der Veranstaltungsreihe  „Akademie aktuell“

• Aufnahme in die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)

• Die Akademie der Wissenschaften in Hamburg und die Universität Hamburg rufen eine neue Reihe ins Leben: Die Academy Lecture bringt hochrangige Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler für einen Vortrag nach Hamburg. Den ersten Vortrag im Rahmen des neuen Formats hält der Hirnforscher Prof. Dr. John-Dylan Haynes.