Die Akademie der Wissenschaften in Hamburg ist die jüngste unter den deutschen Akademien der Wissenschaften. Sie wurde im Dezember 2004 von der Hamburgischen Bürgerschaft als Körperschaft des öffentlichen Rechts gegründet. Mit ihrer Errichtung verfolgt die Stadt Hamburg das Ziel, der Zusammenarbeit zwischen Hochschulen und wissenschaftlichen Einrichtungen im norddeutschen Raum eine neue Grundlage zu geben und die internationale Sichtbarkeit der Wissenschaftsregion zu stärken (vgl. Drs. 18/774 der Hamb. Bürgerschaft vom 24.08.2004).
Im Jahr 2005 hat eine Gründungskommission unter Leitung von Dr. Wilhelm Krull, Generalsekretär der VolkswagenStiftung, Vorschläge für Forschungsvorhaben vorgelegt sowie die ersten 30 Ordentlichen Mitglieder benannt.
Die konstituierende Sitzung der Gründungsmitglieder der Akademie der Wissenschaften in Hamburg fand am 31. Oktober 2005 statt. Zum Januar 2007 wurde die Akademie in die Union der deutschen Akademien der Wissenschaften aufgenommen.