Die wissenschaftlichen Langzeitprojekte der Akademie werden im Rahmen des „Akademienprogramms“ erarbeitet. Das Akademienprogramm wird von den deutschen Akademien der Wissenschaften gemeinsam getragen und dient der Förderung von langfristig angelegter geisteswissenschaftlicher Grundlagenforschung. Den Schwerpunkt des Akademienprogramms bilden deutsch- und fremdsprachige Wörterbücher, wissenschaftliche Editionen sowie Quellen- und Textcorpora.

Das Akademienprogramm wird im Rahmen der gemeinsamen Forschungsförderung von Bund und Ländern mit zurzeit rund 66,8 Millionen Euro jährlich gefördert. Mit diesen Mitteln werden derzeit 144 Projekte in 199 Arbeitsstellen finanziert. Für 2019 stehen nur begrenzte Mittel für Neuvorhaben zur Verfügung.