Kernstück der Akademie der Wissenschaften in Hamburg sind die Arbeitsgruppen. In ihnen finden sich die Mitglieder verschiedener Fachrichtungen zusammen, um herausfordernde Themen der Zeit in interdisziplinärer Zusammenarbeit zu bearbeiten. Die Erkenntnisse und Forschungsergebnisse aus den Arbeitsgruppen sollen einer breiten Öffentlichkeit in Form von Publikationen, Symposien, Vorlesungsreihen etc. vermittelt werden.
Die aktuellen Arbeitsgruppen der Akademie der Wissenschaften in Hamburg: